ОНМУ є членом:
  1. Хартії європейських університетів (Magna Charta Universitatum, Італія);
2. Міжнародної асоціації морських університетів (IAMU, Японія); 3. Асоціації європейських університетів (EUA, Бельгія); 4. Організації Центрально-європейська ініціатива та Південно-східного європейського форуму транспортних досліджень (SETREF, Італія). З 1995 року ОНМУ бере участь в транс'європейських програмах співробітництва TEMPUS - TACІS, CEI, Erasmus+ та ін.