Однією із форм міжнародної інтеграції Полтавського державного медичного університету є членство у провідних академічних організаціях, що є важливим показником інтернаціоналізації та міжнародного визнання. Університет є повноправним членом Міжнародної асоціації університетів (International Association of Universities (IAU), Франція), Європейської асоціації університетів (European University Association (EUA), Бельгія), Міжнародної федерації асоціацій студентів-медиків (Данія), Європейської фундації університетів (European University Foundation), Міжнародної ініціативи Організації Об'єднаних Націй "Academic Impact" (UNAI) та підписантом Великої Хартії Університетів (Magna Charta Universitatum). ПДМУ сертифікований Державною комісією США, яка займається іноземними випускниками вищих медичних закладів (ECFMG)/FAIMER та визнаний Медичною радою Індії, Міністерством Освіти Хашемітського Королівства Йорданії. Полтавський державний медичний університет представлений у каталозі Всесвітнього довідника медичних шкіл, який було видано у співпраці з Всесвітньою федерацією медичної освіти (WFME). За результатами міжнародного рейтингу Webometrics, Консолідованого рейтингу ЗВО України, рейтингу університетів України «ТОП-200 Україна» та наукометричної бази даних SciVerse Scopus Полтавський державний медичний університет займає провідні позиції серед вищих медичних навчальних закладів України.